Microbiote intestinal : définition et impact sur la santé

Pourquoi s'intéresser à vos intestins ? Parce que ce que vous ressentez dans votre ventre ne concerne pas que votre ventre. La santé de votre flore intestinale ou microbiote est intrinsèquement liée à votre état de santé globale.

Microbiote def : définition et impact de la flore intestinale sur la santé
Avec Julien Scanzi

Aujourd’hui, les études scientifiques l’affirment : votre intestin et son microbiote sont au cœur de votre santé. Non, ce n’est pas qu’une tendance bien-être, c’est une révolution biologique démontrée par de nombreux chercheurs grâce de des essais cliniques. Et mieux comprendre ce qui s’y joue, c’est reprendre les rênes de votre santé physique, mentale et immunitaire.

Longtemps réduit à un simple tuyau digestif, l’intestin est aujourd’hui reconnu comme un organe central de régulation par de nombreux chercheurs et travaux récents. Il joue un rôle de filtre, de barrière, de messager... Et s’il est déséquilibré, ce sont souvent les premiers signaux de mal-être (physique ou psychique) qui apparaissent. La fatigue inexpliquée, les ballonnements, une immunité fébrile, l’anxiété chronique : tout cela peut remonter à l’état de votre microbiote, votre deuxième cerveau.

Sommaire
En bref
  • Votre microbiote intestinal influence votre digestion, humeur, immunité, inflammation et énergie.
  • Le microbiote se construit dès la naissance et évolue selon votre mode de vie, votre alimentation et votre environnement.
  • Vous pouvez prendre soin au quotidien de votre microbiote — et renforcer votre santé en profondeur.

Qu'est-ce que le microbiote intestinal et quel est son rôle ? Définition

On l’appelait autrefois "flore intestinale", mais il est bien plus que cela. Votre microbiote intestinal, ce sont des dizaines de milliers de milliards de micro-organismes, bactéries, levures, virus, qui cohabitent dans votre côlon. Le rôle du microbiote et de ses micro-organismes ? Vital. Ils décomposent les fibres, fabrique des vitamines (K, B9, B12), régulent votre système immunitaire et participent à la production de neurotransmetteurs.

Ce microbiote se constitue dès le moment de la naissance et les premières années de vie. Le type d’accouchement (voie basse ou césarienne), l’allaitement, l’environnement, les antibiotiques, l’alimentation… tout joue un rôle dans la qualité de ce système. Et contrairement à une empreinte digitale, il reste modulable toute la vie. Autrement dit, vous pouvez agir sur l'évolution de votre microbiote. Mais encore faut-il savoir comment procéder à ce nouvel élan pour votre bien-être !

L’axe intestin-cerveau : une connexion directe

On parle de plus en plus de l’axe intestin-cerveau. Et ce n’est pas une image. Votre intestin possède son propre système nerveux (le système nerveux entérique) et communique en permanence avec votre cerveau via le nerf vague. Résultat ? Votre microbiote influence votre humeur, votre stress, votre sommeil, voire votre prise de décision.

Des bactéries précises sont capables de synthétiser de la sérotonine (jusqu’à 90 % de la sérotonine du corps serait produite dans l’intestin), du GABA, de la dopamine... Autant de neurotransmetteurs impliqués dans l’équilibre psychique. C’est ce qui explique le rôle du microbiote sur des troubles comme l’anxiété, la dépression ou les troubles du sommeil.

Ce champ de recherche passionne les scientifiques. Ils y consacrent de nombreux travaux. On parle même aujourd’hui de "psychobiotiques", des souches capables d’agir sur le moral.

Immunité, inflammations, maladies chroniques : l'équilibre fragile du microbiote intestinal

Votre microbiote intestinal n’est pas seulement un partenaire digestif : il est aussi un pilier de l’immunité. Il dialogue en permanence avec votre système immunitaire. Lorsqu’il est en bonne santé, il favorise une réponse immune efficace et régulière. Lorsqu’il est perturbé, c’est tout l’équilibre qui vacille.

C’est ce qu’on appelle la dysbiose : un appauvrissement de la diversité microbienne, souvent causé par le stress chronique, une alimentation transformée, une surconsommation de médicaments ou une hygiène de vie trop stérilisée.

De nombreuses maladies modernes sont associées à cet état :

  • Maladies métaboliques (obésité, diabète de type 2, stéatose hépatique),
  • Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (Crohn, RCH),
  • Maladies auto-immunes (polyarthrite, psoriasis, spondylarthrite),
  • Déséquilibres neuropsychiatriques (anxiété, dépression, Parkinson, Alzheimer).

La recherche avance vite, mais une chose est déjà claire : un microbiote riche et diversifié est associé à une meilleure santé globale.

Le microbiote peut-il permettre une perte de poids ?

Notre microbiote a une influence directe sur notre poids et notre métabolisme. Certaines bactéries favorisent le stockage des graisses tandis que d'autres soutiennent la dépense énergétique, expliquant pourquoi deux personnes avec la même alimentation peuvent avoir des résultats différents sur la balance. Un déséquilibre du microbiote (dysbiose) peut devenir un véritable frein à la perte de poids en perturbant les hormones de la satiété, en augmentant l'inflammation et en modifiant l'extraction d'énergie des aliments. 

Conseil de l’expert

Une biodiversité à protéger 

On parle de biodiversité animale ou végétale. Mais la biodiversité microbienne est en danger, elle aussi. Et elle est fondamentale.

En réduisant les expositions toxiques (prises d'antibiotiques inutiles, alimentation industrielle, détergents agressifs), en revalorisant les produits vivants, et en bougeant plus, on peut restaurer notre écosystème intérieur.

C’est peut-être l’un des grands enjeux de la santé durable : retrouver un lien sain avec nos bactéries. Et redonner à notre intestin la place qu’il mérite : au centre du bien-être global.

Julien Scanzi
Hepato - gastroentérologue
Julien Scanzi

Quels sont les symptômes d'un déséquilibre du microbiote ?

Un microbiote qui déraille, ça se ressent. Les signes les plus fréquents ? Un dérèglement du système digestif avec des troubles digestifs comme des ballonnements, une constipation persistante, des diarrhées récurrentes ou un transit irrégulier. 

Mais ce n’est pas tout : un déséquilibre du microbiote peut aussi se manifester par une fatigue chronique, une immunité affaiblie (rhumes à répétition, infections fréquentes), des problèmes de peau (acné, eczéma), voire des troubles de l’humeur (anxiété, irritabilité, troubles du sommeil). Chez les femmes, des déséquilibres vaginaux (mycoses, cystites) peuvent également être le signe d’un microbiote intime perturbé. 

Bref, quand votre flore ne va pas bien, elle envoie des signaux. Encore faut-il savoir les écouter.

Que faire pour avoir un microbiote saint et une flore intestinale équilibrée ?

Votre microbiote aime le mouvement, le sommeil et la sérénité. Vous aussi ? Bonne nouvelle : ces trois leviers se renforcent mutuellement.

Les activités sportives sont-elles bénéfiques au microbiote ?

Bouger, c’est bon pour tout… y compris pour votre microbiote ! L’activité physique régulière favorise la diversité bactérienne intestinale, un indicateur clé d’un microbiote en bonne santé. Elle stimule le transit, limite l’inflammation chronique, et participe à la production de métabolites bénéfiques, comme les acides gras à chaîne courte. Que vous soyez adepte de marche, de yoga, de vélo ou de danse, l’essentiel est de rester en mouvement, idéalement chaque jour. Le bonus ? L’exercice aide aussi à réguler le stress, souvent impliqué dans les déséquilibres du microbiote. Bref, faire bouger son corps, c’est aussi prendre soin de sa flore intestinale !

Le sommeil est essentiel à la flore intestinale

Dormir n’est pas un luxe : c’est une nécessité… pour vous et pour votre microbiote ! Un sommeil de mauvaise qualité ou trop court perturbe les cycles biologiques de l’organisme, y compris ceux de votre flore intestinale. Plusieurs études montrent qu’un manque de sommeil peut réduire la diversité microbienne, favoriser la prolifération de souches pro-inflammatoires et altérer la barrière intestinale. À l’inverse, un sommeil réparateur soutient l’équilibre du microbiote et renforce les interactions entre intestin et cerveau. Pour une flore en forme, dormez bien ! Misez sur des nuits régulières, dans un environnement calme, sombre et frais. Votre intestin aime quand vous décrochez… vraiment.

Gérer votre stress pour protéger votre microbiote

Le stress chronique est l’un des pires ennemis du microbiote. Lorsqu’il s’installe, il perturbe la communication entre le cerveau et l’intestin, ralentit la digestion, altère la barrière intestinale et modifie la composition de la flore. Résultat du stress sur le microbiote : ballonnements, troubles du transit, inconfort, mais aussi baisse de l’immunité ou fatigue persistante. Gérer son stress, ce n’est pas un luxe, c’est une nécessité pour préserver l’équilibre microbien. Méditation, respiration profonde, activité physique, moments de pause ou thérapies douces : chaque stratégie anti-stress est une main tendue à votre flore intestinale.

Quels aliments sont bénéfiques pour le microbiote et la santé de vos intestins ?

Améliorer sa flore intestinale naturellement passe immanquablement par l'alimentation. Quels aliments doivent être privilégiés pour l'enrichir en microbes utiles (les bonnes espèces de bactéries) ou restaurer votre microbiote intestinal.

Les fibres alimentaires pour les probiotiques intestinaux

Prendre soin de son microbiote, c’est aussi nourrir les bonnes bactéries qui le composent — et pour cela, rien de tel que les fibres alimentaires. Présentes dans les fruits, les légumes, les légumineuses et les céréales complètes, ces fibres — notamment les fibres dites prébiotiques — servent de “carburant” aux bactéries bénéfiques. Une fois fermentées dans le côlon, elles favorisent la production d’acides gras à chaîne courte (comme le butyrate), qui renforcent la barrière intestinale, réduisent l’inflammation et soutiennent l’équilibre du microbiote. Varier les sources de fibres, augmenter progressivement les quantités, et bien s’hydrater sont des réflexes simples mais puissants pour entretenir une flore intestinale dynamique… et un bien-être global.

Les aliments fermentés pour enrichir votre microbiote

Les aliments fermentés sont de véritables alliés pour choyer votre microbiote. Riches en micro-organismes vivants naturellement présents ou produits durant la fermentation (comme les lactobacilles ou les bifidobactéries), ils contribuent à enrichir la diversité de votre flore intestinale. Choucroute crue, kéfir, kombucha, kimchi, miso ou encore yaourt au lait fermenté : ces trésors de la tradition culinaire apportent des bactéries bénéfiques qui soutiennent l’équilibre intestinal, renforcent la barrière digestive et participent à une bonne digestion. En intégrant régulièrement ces aliments vivants à vos repas, vous offrez à votre microbiote un coup de pouce naturel et savoureux pour rester en pleine forme. Attention toutefois : privilégiez les versions non pasteurisées, seules garantes de cette richesse microbienne !

Les polyphénols pour chouchouter les bactéries des intestins

Les polyphénols, ces composés antioxydants naturellement présents dans de nombreux végétaux, sont de véritables boosters pour votre microbiote. On les trouve notamment dans les fruits rouges, le thé vert, le cacao, les épices, l’huile d’olive ou encore le vin rouge (avec modération !). Leur particularité ? Une grande partie d’entre eux n’est pas absorbée dans l’intestin grêle, ce qui leur permet d’atteindre le côlon, où ils servent de carburant à certaines bactéries bénéfiques. Résultat : les polyphénols favorisent la croissance de bonnes souches (comme les bifidobactéries), réduisent l’inflammation intestinale, et freinent les bactéries potentiellement nuisibles. En d’autres termes, une alimentation riche en végétaux colorés, bien assaisonnée et variée, c’est un microbiote chouchouté, plus résilient et en pleine santé !

Les compléments Probiotiques pour la flore des intestins

Les traitements probiotiques pour avoir une bonne flore intestinale

Il ne suffit pas de proposer les bonnes espèces de bactéries. Toutes les souches de probiotiques ne se valent pas, et c’est précisément ce qui rend leur sélection si cruciale pour cibler efficacement des besoins spécifiques. Chaque souche possède des propriétés uniques, influençant divers aspects de notre santé. Par exemple, certaines souches sont reconnues pour leur efficacité sur la digestion, tandis que d’autres agissent sur l’immunité, la sphère intime ou le stress.

C’est pourquoi Nutri&Co a minutieusement sélectionné des souches spécifiques, telles que Lactobacillus plantarum (DSM 6595), Lactobacillus rhamnosus (DSM 6594) et Lactobacillus paracasei (DSM 13434), dont les bénéfices cliniques sont validés par des études scientifiques et protégés par des brevets . Cette approche garantit une action ciblée et efficace, adaptée aux besoins individuels, qu’il s’agisse de soutenir la digestion, renforcer l’immunité ou gérer le stress.

Le probiotique Nutri&Co avec prébiotiques
Le probiotique Nutri&Co avec prébiotiques

Le complément Probiotiques & Prébiotiques de Nutri&Co est une solution complète pour soutenir votre bien-être intestinal :

  • Il associe 9 souches de ferments lactiques, dont 2 brevetées, sélectionnées pour leur efficacité sur la digestion et l’immunité, validée par 13 études cliniques et 14 brevets .
  • Chaque prise offre 60 milliards d’UFC, assurant une action optimale sur la flore intestinale.
  • La présence du prébiotique breveté Lynside® permet de combiner probiotiques et prébiotiques en seulement 2 gélules par jour, une performance rare sur le marché.
  • Les gélules gastro-résistantes Embo Caps® AP garantissent que les bactéries atteignent leur cible sans être altérées par l’acidité gastrique.  
Routine associée

Prendre conseil en cas de dysbiose intestinale

En cas de troubles spécifiques et chronique, il est fortement recommandé de vous faire accompagner par un professionnel formé.

La transplantation fécale

La transplantation fécale, ou transfert de microbiote, est une technique médicale innovante qui consiste à transférer les bactéries intestinales d’un donneur sain vers l’intestin d’un patient dont le microbiote est gravement déséquilibré. Cette procédure vise à restaurer une flore intestinale normale et diversifiée, souvent après des infections sévères comme la colite à Clostridium difficile, ou dans certains cas de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. En réintroduisant une communauté bactérienne équilibrée, la transplantation fécale peut aider à rétablir le bon fonctionnement digestif, réduire l’inflammation et améliorer la santé globale du patient. Bien que prometteuse, la transplantation fécale est encadrée médicalement et nécessite une sélection rigoureuse des donneurs pour garantir sécurité et efficacité.

Un pas à la fois, pour une santé ancrée

Prendre soin de votre microbiote, ce n’est pas ajouter une nouvelle contrainte à votre to-do list. C’est au contraire remettre du vivant dans votre quotidien. Revenir à ce qui nourrit, équilibre, soutient. Pas besoin d’être parfait. Juste cohérent.

Parce qu’en santé, ce sont les petits gestes répétés qui changent tout. Et vos intestins le savent déjà !

Vos questions, nos réponses

Nos experts répondent à toutes vos questions.

Le microbiote désigne l'ensemble des micro-organismes vivants (bactéries, virus, champignons) qui peuplent un environnement spécifique comme l'intestin. Le microbiome, lui, englobe non seulement ces micro-organismes mais aussi leurs gènes et les métabolites qu'ils produisent. En d'autres termes, le microbiote représente "qui" vit dans votre intestin, tandis que le microbiome décrit "qui" vit là ET "ce qu'ils font". Cette distinction est importante car elle influence la façon dont les chercheurs étudient l'impact de ces communautés microbiennes sur notre santé.

Les personnes souffrant de dépression présentent souvent une dysbiose intestinale caractérisée par une composition du microbiote spécifique et en particulier une diminution de certaines souches bénéfiques comme les Lactobacillus et Bifidobacterium. Ces bactéries jouent un rôle crucial dans la production de neurotransmetteurs comme la sérotonine et le GABA, essentiels à l'équilibre de l'humeur. Des études montrent que la supplémentation en probiotiques spécifiques (psychobiotiques) peut améliorer les symptômes dépressifs en rétablissant la communication intestin-cerveau. Une alimentation riche en fibres, aliments fermentés et polyphénols soutient également la croissance de ces souches protectrices de la santé mentale.

Un microbiote favorable à la perte de poids se caractérise par une grande diversité bactérienne et un équilibre optimal entre les différentes souches. Les souches probiotiques de type Lactobacillus gasseri et certaines Bifidobacterium peuvent soutenir la perte de poids en modulant l'inflammation, améliorant la sensibilité à l'insuline et régulant les hormones de la satiété. Une alimentation riche en fibres prébiotiques, associée à une activité physique régulière, favorise naturellement ce type de microbiote "minceur".

Pour maintenir un microbiote sain, privilégiez une alimentation diversifiée riche en fibres (fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes) qui nourrissent les bonnes bactéries. Intégrez régulièrement des aliments fermentés (kéfir, choucroute, kimchi, yaourt) qui apportent des probiotiques naturels. Pratiquez une activité physique régulière, gérez votre stress et veillez à avoir un sommeil de qualité, car ces facteurs influencent directement l'équilibre microbien. Évitez les antibiotiques inutiles, limitez les aliments ultra-transformés et les édulcorants artificiels qui peuvent entrainer une modification du microbiote et perturber votre flore intestinale.

Le microbiote est l'écosystème complexe de micro-organismes qui peuplent naturellement votre intestin, unique à chaque individu comme une empreinte digitale. Les probiotiques sont des micro-organismes vivants bénéfiques que vous pouvez consommer via l'alimentation (yaourts, kéfir) ou des compléments alimentaires pour enrichir votre microbiote existant. Les espèces bactériennes présentes dans les probiotiques sont sélectionnée pour leurs actions spécifiques. Votre microbiote, lui, est permanent. Il évolue selon votre mode de vie. Les probiotiques ont un effet temporaire et doivent être consommés régulièrement pour maintenir leurs bénéfices. Ils agissent comme des "renforts" pour soutenir et rééquilibrer votre microbiote naturel.

*Références :

Références scientifiques principales sur le microbiote

Rédigé par l'équipe Nutri&Co

Notre équipe scientifique est composée d'un Diététicien, d'un Docteur en Sciences de la Nutrition d'Ingénieur en Nutrition et Science des Aliments et d'un Naturopathe.

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