Liste des aliments pour la flore intestinale : bons et mauvais

Quels aliments manger ou éviter pour rétablir l'équilibre de sa flore intestinale ?

Listes des aliments pour la flore intestinale : bons et mauvais
Avec Julien Scanzi

Microbiote essentiel de notre organisme, la flore intestinale est composée de micro-organismes, dont une multitude de “bonnes” bactéries, nécessaires au bon fonctionnement de notre système immunitaire. Découvrez le lien entre aliments et flore intestinale, pour rester en bonne santé en maintenant l’équilibre de votre microbiote intestinal.

Sommaire
En bref
  • Certains aliments enrichissent votre microbiote et participent activement à votre bien-être digestif, immunitaire, cutané et mental.
  • D’autres aliments, au contraire, l’appauvrissent, le déséquilibrent et favorisent l’inflammation chronique.
  • En les identifiant clairement, vous pouvez faire des choix éclairés à chaque repas pour construire une flore intestinale plus forte, plus diversifiée et plus résiliente.

Qu'est ce que la flore intestinale et pourquoi elle se déséquilibre ?

Il existe une multitude de germes au sein de notre appareil digestif, ils forment la flore intestinale et s’implantent à l’intérieur de la bouche, de l’intestin grêle et du côlon. En cas de déséquilibre de la flore intestinale, des troubles intestinaux peuvent apparaître au sein du microbiote intestinal : flatulences, ballonnements, perturbations du transit…

Composé de micro-organismes vivants, le microbiote intestinal peut être affecté par différents types de facteurs extérieurs : tabac, alcool, alimentation déséquilibrée, pollution… Cela peut perturber l’équilibre de la flore intestinale et entraîner des troubles intestinaux de façon ponctuelle après les repas ou non, et plus ou moins importants selon les aliments consommés. L’alimentation joue un rôle majeur pour prévenir ces troubles et rééquilibrer la flore intestinale. En effet, certains produits alimentaires s’avèrent être de véritables alliés pour reconstituer la flore intestinale. 

Ce que vous mangez nourrit aussi votre flore intestinale

Si le stress ou encore la prise de traitements antibiotiques peuvent provoquer des troubles au niveau de votre flore intestinale, l’alimentation semble également être l’un des facteurs principaux de ce déséquilibre. Souvent trop riche en graisses saturées ou trop pauvre en fibres, l’alimentation malsaine peut empêcher le microbiote d’être équilibré et sain.

Le rôle du microbiote est majeur et ses réactions sont parfois spectaculaires : ballonnements, transit perturbé, fatigue chronique, moral en berne, peau instable… autant de signaux qui peuvent refléter un déséquilibre intérieur.

Mais la bonne nouvelle, c’est qu’on peut l’apprivoiser, l’aider et le régénérer. Il suffit de mieux choisir les aliments qu’on met dans notre assiette pour préserver sa flore intestinale et être en bonne santé !

Conseil de l’expert

Plus votre alimentation est vivante, colorée, brute, plus votre flore intestinale vous remercie. Car la recherche scientifique est formelle : un microbiote riche et diversifié est un marqueur puissant de santé globale.

Julien Scanzi
Hepato - gastroentérologue
Julien Scanzi

Quels aliments sont bénéfiques pour la flore intestinale ?

Heureusement, la nature est généreuse. Et votre microbiote, lui, est résilient. Il suffit de lui offrir les bons nutriments, régulièrement. Les prébiotiques, les probiotique et les polyphénols sont les trois grandes familles d’aliments qui font vraiment la différence sur votre flore intestinale.

Pour optimiser votre flore intestinale, alternez entre les sources de probiotiques (qui apportent directement des bactéries bénéfiques) et les prébiotiques (qui les nourrissent) :
Cette combinaison stratégique d'aliments probiotiques et prébiotiques crée une synergie parfaite pour votre microbiote. 

Quels aliments sont des prébiotiques ?

Les bienfaits des fibres alimentaires sont nombreux. Il existe différentes sortes de fibres, divisées en deux catégories : les fibres solubles et les fibres insolubles. Les prébiotiques sont des fibres solubles, efficaces pour nourrir les bonnes bactéries du microbiote. Elles stimulent la croissance des bactéries bénéfiques, en particulier les bifidobactéries et les lactobacilles. 

Leur fermentation produit des AGCC (acides gras à chaîne courte), protecteurs, anti-inflammatoires, et réparateurs.

Dans quels aliments trouver les prébiotiques ?

  • Légumes riches en inuline et FOS : ail, oignon, poireau, topinambour, salsifis, asperges.
  • Fruits : bananes peu mûres, pommes, kiwis.
  • Légumineuses : lentilles, pois chiches, haricots rouges.
  • Céréales complètes : avoine, orge, seigle.
  • Graines mucilagineuses : lin, chia, psyllium.

Astuce : Variez les aliments riches en fibres. Un microbiote divers aime une alimentation… diverse !

Top 10 des aliments prébiotiquesPropriétés
Ail et oignon crusRiches en inuline, prébiotique puissant
Banane légèrement verteContient de l'amidon résistant nourrissant les bactéries
TopinambourChampion des prébiotiques naturels
AspergesExcellente source de fructo-oligosaccharides
Poireaux et artichautsFavorisent la diversité bactérienne
ChicoréeContient des fibres solubles particulièrement bénéfiques
Graines de lin mouluesApportent des lignanes fermentescibles
Avoine complèteRiche en bêta-glucanes
LégumineusesLentilles, pois chiches et haricots nourrissent les bonnes bactéries
PommesLeur pectine est un prébiotique efficace

Les fibres insolubles sont quant à elles bénéfiques pour lutter contre la constipation notamment. Voici quelques exemples d’aliments, source de fibres insolubles :

  • Les céréales complètes (avoine complète, blé complet, seigle complet, riz complet, épeautre, quinoa, boulgour, etc.),
  • Les légumineuses (haricots rouges, haricots blancs, pois cassés, lentilles, flageolets, etc.) ;
  • Les choux fermentés, la choucroute.

Remarque : les personnes atteintes du syndrome de l’intestin irritable doivent éviter de consommer trop d’aliments contenant des fibres insolubles. Cela risque de favoriser les douleurs intestinales, la survenue de diarrhées ou de ballonnements.

Les probiotiques naturels de l'alimentation

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante, ont des effets positifs sur la santé intestinale, immunitaire et même neurologique.

Leur effet est temporaire, mais précieux. Les aliments probiotiques renforcent la barrière intestinale, modulent l’immunité, et participent à la résilience du microbiote.

Dans quels aliments trouver les probiotiques :

  • Produits fermentés laitiers : yaourt nature, kéfir, fromage au lait cru.
  • Légumes lactofermentés : choucroute crue, kimchi, pickles artisanaux.
  • Produits fermentés asiatiques : miso, tempeh, natto, sauce soja non pasteurisée.
  • Boissons vivantes : kombucha maison, kéfir d’eau.

Attention : la pasteurisation détruit les probiotiques. Cherchez des produits non pasteurisés, non stérilisés.

Top 10 des aliments probiotiquesPropriétés
Kéfir de lait ou de fruitsVéritable concentré vivant avec plus de 30 souches différentes
Yaourts avec ferments actifsPrivilégiez ceux mentionnant "ferments vivants" ou "cultures actives"
Choucroute crueRiche en Lactobacillus plantarum, excellente pour la digestion
Kimchi coréenCombinaison puissante de bactéries lactiques et d'antioxydants
KombuchaBoisson fermentée riche en probiotiques et en antioxydants
Miso non pasteuriséApporte des souches résistantes à l'acidité gastrique
TempehAlternative au tofu, fermentée et riche en protéines
Fromages affinés crusParticulièrement le bleu, le comté et le parmesan
Cornichons lactofermentésÀ ne pas confondre avec ceux au vinaigre
Olives en saumure naturelleSource méconnue de probiotiques

Les polyphénols de l'alimentation pour améliorer la flore intestinale

Ce sont des antioxydants puissants qui, en plus de protéger vos cellules, nourrissent les bactéries bénéfiques et freinent la prolifération des bactéries intestinales indésirables.

Dans quels aliments trouver les polyphénols :

  • Fruits rouges, raisins noirs, grenade.
  • Cacao pur, thé vert, café filtre.
  • Épices : curcuma, cannelle, clou de girofle, origan, gingembre.
  • Noix, huile d’olive extra vierge.

Astuce : combinez polyphénols et fibres (par exemple : pomme + cannelle, flocons d’avoine + cacao cru) pour un double effet “booster de flore intestinale”.

Top 10 des aliments riches en polyphénolsPropriétés
Cacao pur (chocolat noir >70%)Contient 516 mg de polyphénols par cuillère à soupe, favorise les bactéries anti-inflammatoires
Baies sauvages (aronia, sureau)Jusqu'à 1123 mg par demi-tasse, stimulent la croissance des Lactobacillus et Bifidobacterium
Thé vertRiche en catéchines, agit comme prébiotique sur le microbiote intestinal
Café filtreSource majeure de polyphénols (36,9% des apports), stimule la motilité intestinale
ArtichautChampion des légumes en polyphénols, double action prébiotique et antioxydante
Persil fraisTrès riche en flavonoïdes, propriétés antimicrobiennes sélectives
Fruits rouges (myrtilles, framboises)Anthocyanes puissantes, réduisent l'inflammation intestinale
Huile d'olive extra-viergePolyphénols biodisponibles, protègent la barrière intestinale
Épices (curcuma, cannelle, gingembre)Concentrés en polyphénols, modulent favorablement le microbiote
Raisin noir et vin rouge (modération)Resvératrol et anthocyanes, favorisent la diversité bactérienne

L'alimentation bénéfique au microbiote

Améliorer son microbiote intestinal au quotidien passe d’abord par l’alimentation et le fait de privilégier les aliments bénéfiques à la flore intestinale. Une consommation régulière de fibres (fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes) nourrit les bonnes bactéries intestinales et favorise leur diversité. Les aliments fermentés — comme le yaourt, le kéfir, la choucroute crue ou le miso — apportent des micro-organismes vivants bénéfiques, tout comme certains probiotiques bien choisis.

Les habitudes à oublier pour éviter la dysbiose

Certaines habitudes de vie entrainent une modification du microbiote.

  • Evitez les excès de sucre, d’alcool et la surconsommation de traitements médicaux (notamment les antibiotiques) qui modifient
  • Pratiquer une activité physique régulière, bien dormir et gérer son stress sont des habitudes bénéfique aux microbiotes humains

Ces gestes simples mais réguliers permettent de préserver un microbiote riche, diversifié et protecteur et éviter la plupart des cas de dysbiose.

Quels aliments contiennent des probiotiques bénéfiques pour la flore intestinale ?

Les aliments riches en probiotiques sont ceux qui contiennent naturellement des micro-organismes vivants capables de renforcer et diversifier la flore intestinale. On les trouve principalement dans les produits fermentés : yaourts contenant des ferments vivants, kéfir de lait ou de fruits, choucroute crue, miso, kimchi, cornichons lactofermentés ou encore kombucha. Consommés régulièrement, ces aliments favorisent l’équilibre du microbiote, soutiennent la digestion et renforcent l’immunité. Pour un effet optimal, il est important de privilégier des produits non pasteurisés, car la chaleur détruit les bactéries actives.

Quels aliments sont mauvais pour la flore intestinale ?

Bien que la flore intestinale soit constituée dès la naissance de façon naturelle, sa composition n’est pas constante et peut varier tout au long de notre vie. Il faut donc veiller à entretenir la flore intestinale par le biais de l’alimentation. Une alimentation malsaine (trop sucrée, trop salée et/ou trop riche en matières grasses) risque d’appauvrir le microbiote et entraîner des troubles au sein de l’intestin (ballonnements, mauvais transit, flatulences, etc.).

Aussi, le surpoids, l’obésité ou le diabète sont généralement responsables d’un microbiote peu varié, présentant un déséquilibre entre les différents types de micro-organismes qui le composent. Dans ce cas, le microbiote est déficient en “bonnes” bactéries. Il convient alors de consommer des aliments, voire des compléments alimentaires riches en probiotiques pour améliorer le microbiote.

Pas de panique : ce n’est pas une liste d’aliments interdits. Mais certains aliments, s’ils deviennent trop fréquents, peuvent réellement déséquilibrer la flore et affaiblir la barrière intestinale.

Les sucres raffinés

Sucre blanc, confiseries, biscuits industriels, boissons sucrées… Ces sucres rapides nourrissent surtout les mauvaises bactéries et les levures pathogènes, comme Candida albicans, au détriment des espèces bénéfiques.

Résultat : fermentation excessive, ballonnements, inflammation chronique, candidose digestive.

Les aliments ultra-transformés

Riche en additifs (émulsifiants, colorants, conservateurs…), cette catégorie représente plus de 30 % des apports alimentaires quotidiens en France. Certains additifs, comme le carboxyméthylcellulose ou le polysorbate 80, perturbent directement la barrière intestinale et le microbiote.

Conséquence : perte de diversité bactérienne, perméabilité intestinale accrue et risque inflammatoire.

Les graisses trans et les huiles raffinées

Produits frits, snacks, margarines industrielles… Les acides gras trans et les huiles pauvres en oméga-3 favorisent une flore pro-inflammatoire. 

Impact : augmentation du stress oxydatif, déséquilibre entre les bactéries protectrices et celles pro-inflammatoires.

L'excès de viande rouge (surtout grillée ou transformée)

La viande rouge en grande quantité, notamment si elle est transformée (charcuteries) ou trop cuite, produit des composés toxiques (AGEs, amines hétérocycliques) qui altèrent la muqueuse et réduisent la diversité microbienne. 

Le microbiote devient moins riche, moins stable, et plus perméable.

Les alcools forts et les sodas

L’alcool en excès, surtout fort ou répété, altère directement les bactéries bénéfiques, et affaiblit la muqueuse intestinale. Les sodas sucrés ou light perturbent aussi la flore via leurs édulcorants (notamment l’aspartame ou le sucralose).

Résultat : une flore intestinale déséquilibrée, plus propice à l’inflammation.

Les antibiotiques alimentaires (viandes non bio, poissons d’élevage)

Des résidus d’antibiotiques présents dans les produits animaux non issus de filières bio peuvent avoir un effet délétère sur votre flore. Même à faible dose, ces résidus tuent des bactéries utiles et affaiblissent la diversité de votre flore intestinale. Ces aliments ne sont pas interdits à vie, mais ils devraient rester occasionnels. Un microbiote ne se restaure pas en un jour, mais se détruit vite si on ne l’écoute pas.

Probiotique en complément alimentaire : quelle utilité ?

L'intérêt d'un probiotique en complément alimentaire ? L'apport à la juste dose des micro-organismes vivants les plus étudiés ayant démontrée leur efficacité dans le cadre d'études sur l'effet des probiotique sur la flore de l'intestin. Ils sont particulièrement utiles en cas de modification du microbiote :

  • après s'être soigné avec un antibiotique, 
  • en cas de troubles digestifs
  • ou pour renforcer l’immunité.

Leur action est transitoire. Il faut donc les prendre régulièrement pour faciliter la digestion, moduler l’inflammation ou encore participer à la santé mentale. 

Vous souhaitez comprendre comment bien choisir un probiotique adapté et efficace ? Retrouvez notre article Probiotiques en compléments alimentaires et bénéfices 

Pourquoi choisir les compléments alimentaires Nutri&Co pour restaurer sa flore intestinale ?

Parce que rééquilibrer son microbiote ne se fait pas au hasard, Nutri&Co propose des compléments formulés avec précision, alliant efficacité, naturalité et transparence. 

Le probiotique Nutri&Co avec prébiotiques
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  • Nos probiotiques contiennent 9 souches documentées, sélectionnées pour leurs bienfaits sur la digestion, l’immunité et l’équilibre de la flore.
  • Associées à un prébiotique naturel, elles agissent en synergie pour recoloniser l’intestin avec de bonnes bactéries et les nourrir durablement.
  • Le plus ? Des gélules gastro-résistantes qui protègent les micro-organismes jusqu’à leur arrivée dans le côlon.
  • En complément, nos fibres bio renforcent l’action sur le transit et l’inconfort digestif. Une approche complète, pensée pour des résultats durables contre les douleurs intestinales.
Routine associée

Votre flore intestinale jour après jour

Pas besoin de révolutions spectaculaires pour participer à l'équilibre de votre flore intestinale. Il suffit de gestes quotidiens. Car chaque bouchée nourrit ou appauvrit votre flore intestinale. Chaque ingrédient de votre alimentation peut être un poison… ou un fertilisant de sa bonne santé. Et ce qui est formidable avec le microbiote, c’est qu’il évolue. Il s’adapte. En quelques jours, vous pouvez le calmer. En quelques semaines, le renforcer. Et en quelques mois, transformer votre santé de l’intérieur et retrouver une flore intestinale saine et en bonne santé.

Alors, aujourd’hui, vous lui offrez quoi ? Une soupe pleine d’ail et de douceur ? Un kéfir maison ? Une pause sucre ? Vous avez le pouvoir sur l'équilibre de votre flore intestinale. Et ça commence dans votre assiette !

Vos questions, nos réponses

Nos experts répondent à toutes vos questions.

Entre 1 et 3 mois selon l'état initial du microbiote. Les cas sévères nécessitent jusqu'à 6 mois. Une flore faiblement déséquilibrée récupère en 1-2 mois avec une alimentation adaptée.

Consommez des probiotiques (yaourts, kéfir, choucroute), des prébiotiques (fibres, légumineuses) et des polyphénols (fruits rouges, thé vert) ou ajoutez-les à votre alimentation avec des probiotiques Nutri&Co. Évitez sucres raffinés, aliments ultra-transformés et alcool en excès et maintenez une hygiène de vie équilibrée pour favoriser la recolonisation.

Adoptez une alimentation diversifiée riche en fibres ou à défaut, entamez une cure de fibres pauvres en FODMAPs Nutri&Co. Intégrez des aliments fermentés quotidiennement, réduisez le stress, limitez les antibiotiques et privilégiez les produits bio pour préserver la diversité bactérienne.

*Références :

Publications et études

Rédigé par l'équipe Nutri&Co

Notre équipe scientifique est composée d'un Diététicien, d'un Docteur en Sciences de la Nutrition d'Ingénieur en Nutrition et Science des Aliments et d'un Naturopathe.

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